La edición Atlus 35th Digital Anniversary de Metaphor: ReFantazio incluye una variedad de contenidos exclusivos diseñados para celebrar tanto el juego como los 35 años de historia de Atlus. Esta edición contiene:

1. Juego base digital de Metaphor: ReFantazio.
2. Libro de arte digital.
3. Banda sonora digital del juego.
4. Atlus 35th Digital History Book, un libro digital que recorre la historia de Atlus.
5. Atlus 35th Digital All-Time Best Soundtrack, una colección de las mejores canciones de Atlus a lo largo de los años.
6. Más de 50 elementos de DLC, que incluyen:
   • Uniformes escolares de títulos icónicos de Atlus (Persona, Etrian Odyssey y más).
   • Música de batalla (BGMs) y jingles personalizados, basados en series populares como Persona y Etrian Odyssey.
   • Disfraces como Samurai Garb y trajes de clases de Etrian Odyssey.